汽車人和人類軍方正在策劃一場(chǎng)防止霸天虎復(fù)仇的秘密戰(zhàn)爭(zhēng)。隨著越來(lái)越多的變形金剛重新浮出水面，人們發(fā)現(xiàn)這些機(jī)器人在地球上的歷史遠(yuǎn)比他們想象得要悠久，有些人甚至猜測(cè)是汽車人招來(lái)了霸天虎，提出要趕走汽車人。擎天柱不希望讓地球處于無(wú)人保護(hù)的狀態(tài)下任由霸天虎肆虐，于是他請(qǐng)求山姆當(dāng)汽車人的代言人，去說(shuō)服人類讓汽車人留下來(lái) 可山姆拒絕了，他要上大學(xué)，想和別的人一樣過(guò)正常的生活。不過(guò)他未能如愿，因?yàn)樗砩系幕鸱N源碎片通過(guò)原始的能量影響著他，使他產(chǎn)生了種種奇怪的想法和幻覺(jué)：而山姆拒絕當(dāng)代言人，也給他自己、汽車人以及全世界都帶來(lái)了嚴(yán)重的后果——霸天虎的領(lǐng)袖威震天復(fù)活了，隨之而來(lái)的還有變形金剛歷史上遠(yuǎn)古的惡魔……
魔方創(chuàng)造了最早的13個(gè)變形金剛，他們就是“The Primes”（領(lǐng)導(dǎo)者），為了獲取更多的能量，這群變形金剛發(fā)明了“領(lǐng)導(dǎo)模塊”，它可以用來(lái)驅(qū)動(dòng)一種從太陽(yáng)吸取能量的裝置（就是生產(chǎn)能量塊Energon的裝置）。“The Primes”們?cè)诿ＣＳ钪嬷械教帉ふ铱梢詾樗麄兲峁┠芰康奶?yáng)，但他們也共同發(fā)誓：如果那顆太陽(yáng)周圍有生命的存在，他們就不會(huì)對(duì)那顆太陽(yáng)下手。
“The Primes”們來(lái)到地球，見(jiàn)到了早期的人類，他們被人當(dāng)作了神靈。墮落金剛想要把領(lǐng)導(dǎo)模塊據(jù)為己有，于是他選擇背叛誓言。另外12個(gè)變形金剛為了不讓他得逞把領(lǐng)導(dǎo)模塊藏在了一個(gè)墓中。墮落金剛殺死同胞后沒(méi)有停止尋找，只有“The Primes”最后幸存的后代“擎天柱”可以阻止他。
