不小心闖入另一個平行世界的少年哆哆,來到了充滿挑戰和冒險的數學島。在尋找回到原來世界的方法時,哆哆遇到了聲名赫赫的“數學神偷”——阿魯魯和修米,并和他們成為了很要好的朋友。阿魯魯誤偷了撒比特拉瑪將軍的水晶骷髏頭骨,頭骨卻又落入了骷髏教教主扎昆這個黑魔法師的手里。為了奪回水晶骷髏頭骨,并且阻止扎昆想要毀滅地球的邪惡行為,哆哆、阿魯魯義無反顧地開始了一場正義之戰。